看着自己的学生一天天成长起来,尽管国家仍处于战乱之中,但是叶企孙相信明天是有希望的。在抗战时期的1938年,他的学生熊大缜放弃出国留学的机会,向叶企孙提出要参加抗日战争的决定。叶企孙见他下定决心,不好阻拦,即使不舍,但也知道国家正是面临救亡图存的境地,需要爱国者去抛头颅洒热血,为国家和人民赢得生存的机会。于是同意了他的请求。
熊大缜来到了冀中八路军抗日根据地,利用自己的专业技术帮助根据地研制武器,装配电台。熊大缜的爱国行为让叶企孙赞许不已,他利用自己的力量秘密组织学生们一起帮助熊大缜进行科研,并且给根据地运送物资。
可是熊大缜的结局却让人扼腕叹息,1939年,熊大缜被人诬陷为特务,遭到杀害。叶企孙得知这个消息顿觉五雷轰顶,此后一直处在悲伤中无可自拔。他确信自己的学生是爱国的,所以始终坚持为熊大缜申冤。他从来都是一心向着学生的,在清华任教时期,担心学生的伙食不好,曾多次自己买东西补贴学生。对学生爱而如此的他,绝不能看着熊大缜被冤死,因此走上了为他平冤的道路。可是风雨飘摇之际,哪有人会理会叶企孙的请求?
新中国成立之后,身为清华大学教授的叶企孙还是没有放弃,希望能够为自己的学生洗刷罪名,但是,这非但没有帮助熊大缜脱罪,反而让叶企孙自己遭到许多人的误解。他们认为叶企孙一定和特务有所勾连,有些人借着这个机会疯狂地批判叶企孙,也许这些人和叶企孙无冤无仇,只是乐于踩上一脚,以证明自己的革命。众人的批判让叶企孙的工作和生活状况急转直下。
1966年,文化大革命开始,叶企孙遭到了红卫兵的残酷斗争,疯狂殴打,被打成残疾。后来,又因为熊大缜一事,叶企孙被公安机关逮捕关押,受尽牢狱之苦。在监狱遭受长达一年半时间的毒刑拷打,身体和精神上都受到了严重摧残,特别是精神方面受到了不可想象的折磨。他痛苦着,毕竟初心是要为学生平反,最后怎么和那些犯人一样成了同犯了呢?他的精神日益崩溃,最后一度演变成幻想症和精神分裂。
出狱后的叶企孙早已白发苍苍,他的身体也坏的不成样子,成了残疾人。大小便失禁,两条腿肿胀地厉害,并且走路时腰会弯着。叶企孙未曾结婚,无儿无女。从监狱放出来后,失去了经济来源,生活无着,除了靠以前的几个有正义感、同情心的学生不时地救助以外,时常会到街上向穿着学生模样的人讨钱来过活,“你有钱给我几个”,但他却从不要多,每次也就三五块,能够勉强维持生计就行,他成了一个在大街上乞讨的乞丐。
70年代初,诺贝尔奖得主李政道先生应邀回国,倍受尊荣。在与周恩来交谈中提出想见一见自己的老师叶企孙,周恩来无言以对。
由于精神的崩溃,自身所学几乎全部忘记。但他躺在病床上说的临终遗言却是:“回清华……回清华”,他至始至终都记着自己的母校,记着回清华,记着科学报国。谁能想到曾经的少年天才如今变成了这副样子,晚年何其悲凉。风雨飘摇之中,叶企孙贫病交加。在全国人民欢呼粉碎四人帮,欢庆获得第二次解放的1977年,叶企孙悲惨离世,终年79岁。
1987年,在吕正操将军的努力下,叶企孙和熊大缜终于得以平反。此时距离他去世已十年之久;而他的学生熊大缜,冤死已近五十年。1992年,海内外上百位学者联名呼吁,请求清华大学为他树立铜像。1995年,叶企孙的铜像立在了清华校园内。他经历了从教授到乞丐的悲惨人生,曾经被人们遗忘,但最后,人们还是想起了他,一位伟大的物理学家和教育家。